Υπάρχει υπεύθυνος φορέας διοίκησης, εκμετάλλευσης και λιμενικής ανάπτυξης.
Διευκρινισθεί η εδαφική έκταση των αρμοδιοτήτων του φορέα διοίκησης και εκμετάλλευσης λιμένα.
Εκλείψουν αμφισβητήσεις για το αν μπορεί η όχι να ασκήσει την καθ΄ ύλην αρμοδιότητα του.
Αποφεύγονται καταπατήσεις χώρων του Δημοσίου.
Το πρώτο σχέδιο ολοκληρώθηκε από ένα Γάλλο το 1686, η χάραξη του Τουρνεφόρ έγινε το 1717 και το πρώτο της σχέδιο του Th. Hope ήταν το 1790. Στο τέλος του 18ου αιώνα επεκτάθηκε η αγορά πολίχνης. Το 1822, απαριθμήθηκαν 22 πλοία και 60 πλοία αναφέρονται μεταξύ 1860-1870. Το 1901 έγινε η διεύρυνση της έμπροσθεν της θάλασσας και η επέκταση του μόλου από τον Μιχ. Καμπάνα. Ο νέος μόλος δημιουργήθηκε το 1970, ενώ το 1980 πραγματοποιήθηκαν όλες οι βελτιώσεις.
Κατά τη διάρκεια του 1992, η κυβέρνηση αναγνωρίζοντας τα προβλήματα που αντιμετώπιζε το νησί από την αυξανόμενη τουριστική κίνηση, πήρε ριζικές αποφάσεις και ετοίμασε ένα ολοκληρωμένο πρόγραμμα ανάπτυξης για το τουριστικό και το επιβατικό λιμάνι, καθώς και μια εσωτερική μαρίνα. Κατά τη διάρκεια του 1995, η φάση κατασκευής του έργου ξεκίνησε, από το Υπουργείο Περιβάλλοντος και συγχρηματοδοτήθηκε από Εθνικούς Πόρους και το δεύτερο Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης.
Κατά τη διάρκεια του 1999, το 1ο στάδιο ολοκληρώθηκε με προϋπολογισμό 17,5 εκατ. € περίπου και ξεκίνησε το νέο λιμάνι. Το 2ο στάδιο έλαβε χώρα μεταξύ 2000-2002. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου ολοκληρώθηκαν αποθήκες, wc, ηλεκτροφωτισμός και αρχιτεκτονική διαμόρφωση της επιφάνειας της νησίδας στον χώρο Σένγκεν.
Ακολούθησε το 3ο στάδιο από το 2006 έως το 2010 στο οποίο έγιναν εργασίες για τον επιβατικό-εμπορικό τμήμα του λιμανιού, ανατολικά της γέφυρας με εγκαταστάσεις για την εξυπηρέτηση των επιβατών και των πλοίων και τη βελτίωση του οδικού δικτύου μέχρι τον κόμβο της Περιφερειακής Οδού. Το τελευταίο στάδιο θα κοστίσει περίπου 20,5 εκατ. €.
Σήμερα, η κατασκευή του λιμανιού είναι στο 4ο στάδιο, κατά το οποίο κατασκευάζονται κτίρια για κρουαζιέρα και εμπορικά τερματικά. Τα δύο λιμάνια της Μυκόνου μαζί με το σημαντικό τουριστικό αξιοθέατο του νησιού, έχουν γίνει οι πιο δημοφιλείς προορισμοί για ταχύπλοα και γιοτ στη Μεσόγειο σήμερα, και συνυπάρχουν με τις ψαρόβαρκες και τις βάρκες που εκτελούν καθημερινά δρομολόγια στη Δήλο.
